Le Mont St. Michel ligger som en isoleret klippeø i bunden af den bugt, der dannes af Bretagne mod vest og Normandiet mod nord. Det ligger som om det pludselig er skudt op af jorden - dels omgivet af vand når det er flod, dels omgivet af fuldkommen flad sandbund så langt øjet rækker, når det er ebbe. Den eneste forbindelse det har til fastlandet, er en lang dæmning, der er anlagt længe efter dets oprindelse.

Længe før vor tidsregning, var den nuværende bugt, hvor Mont St. Michel ligger, dækket af skov. Senere er havet, sikkert på grund af jordforskydninger, begyndt at overskylle arealet og den lille bjergtop der blev kaldt Mont Tombe, blev således en ø. På grund af  tidevandet, hvor forskellen på ebbe og flod kan være op til 12-14 m. (efter sigende det højeste i Frankrig) og fordi havbunden i bugten er flad, er sandbankerne udækket af vand meget langt ud, til tider mere end 12 km .

Det befæstede klosters historie går helt tilbage til begyndelsen af det 8. årh. Historien siger, at en helgen ved navn St. Michel, viste sig ved en åbenbaring for biskoppen af Avranches, og befalede ham at bygge et bedekammer på toppen af den lille klippeø, der dengang blev kaldt Mont Tombe. Øen kom herefter til at hedde Mont St. Michel og blev således helliget til ærkeenglen og det ene bygningsværk mere pragtfuldt end det andet, blev tilføjet til det oprindelige bedekammer. Denne tilbygning og udvidelse, der var stærkt præget af romersk og gotisk byggestil, fortsatte helt op til det 16. årh.

Klosteret har gennem tiderne været hjemsted for mange. Først og fremmest munke, men også mange fyrster og konger, har holdt til her. Henry 2. af England holdt således i 1166 sit hof på øen.

Skønt det var et kloster der blev anlagt på øen, har der Ikke altid været fred på og omkring den. I 1203 sendte den franske konge en militærekspedition mod øen, for at erobre den fra englænderne. Det lykkedes dog ikke, og den eneste skade der skete, var at nogle af bygningerne blev brændt ned. De blev dog hurtigt bygget op igen, til dels støttet af privat kapital.

Hele øen blev herefter befæstet med en kraftig mur hele vejen rundt og en garnition soldater blev fast stationeret på øen, betalt af klosteret og den øverste regent.

I de efterfølgende århundreder var der flere angreb på øen, men de blev alle slået tilbage. Som et levn fra den tid, står der i dag to kanoner, som blev efterladt ved byporten. 

Men øen har også været brugt til andet end munkekloster. I tidsrummet fra 1790 til 1863 blev bygningerne brugt til statsfængsel.

Da øen oprindelig var beregnet til og blev brugt som kloster og således på en måde var hellig, har der op gennem tiderne været en stadig strøm af pilgrimme til øen, selv under hundrede års krigen. Englænderne, der en overgang kontrollerede området, var så udspekulerede, at de udstedte pas til de troende, mod en passende betaling. Men ikke alene pilgrimme valfartede til øen. Riddere og rige købmænd strømmede også ind side om side med tiggere, der som regel fik lov at bo hos munkene. 
Allerede på det tidspunkt begyndte man at drive "rovdrift" på de mange mennesker der kom udefra. Pilgrimmene kunne således købe små billeder af St. Michel, som de kunne hænge om halsen, eller små læderpunge som de kunne fylde med sand fra stranden omkring øen.  

Klosteret har således oplevet mangt og meget gennem tiderne, før det i 1874 blev overtaget af Kommissionen for Historiske Monumenter og grundigt restaureret. I dag tager en forsamling, der kalder sig Societe des Amis du Mont St. Michel, af ansvaret for vedligeholdelsen af klosteret og øen, der ustandselig trues af tidevandet i bugten.

Kommer man i dag til Mont St. Michel som turist, vil man finde stedet overfyldt med souvenirboder, hvor der ikke er nogen grænse for hvad man kan købe. Restauranter er der en masse af, mange uden tvivl hyggelige, som ligger godt gemt i de snævre gyder. Men et sådant sted mister en hel del af sin charme og skønhed, når det i den grad skamferes af boder med billigt stads og dyre hoteller med store og prangende skilte.